制冷系統主要為大容量凍干機提供冷凍干燥時所需的溫度，通過壓縮機對制冷劑的作用，制冷劑的物理狀態發生變化，從而吸收外界或釋放自身的熱量，達到溫度控制的效果。
大容量凍干機在使用時須注意下面這些事項'
1、將待凍干的樣品在冰箱真空凍干設備中凍好，同時應預先用封口膜或保鮮膜封好瓶口，并扎好小孔。
2、凍干機開機前檢查（電源、真空泵等）
（1）真空泵置于地面，與凍干機主機保持一定高度差。防止突發停電產生返油。若發生停電事故，應立即擰開充氣閥充氣，盡快取出樣品。
（2）真空泵油應該定期更換，注意保養和維護。油量通過玻璃窗口來觀察，好控制在2/3左右，過多容易出現噴油現象，過少容易出現真空度不足。
3、打開凍干機電源總開關，按“制冷"鍵，凍干機使用前需要制冷半小時。
4、從冰箱中取出待凍干的樣品，放好，蓋好有機玻璃蓋，檢查密封是否良好。然后將不銹鋼板壓在充氣閥上，拔出小管，密封凍干機。
5、按“真空計"鍵，真空度顯示；再按“真空泵"鍵，真空泵工作。
6、凍干后，先擰上充氣閥，使空氣緩慢進入，然后關閉真空泵，防止真空泵回油。然后關閉真空計、制冷按鈕和主電源。后取下有機玻璃蓋，取出樣品保存。
7、之后要將大容量凍干機冷阱內的冰塊清理掉，方便下次使用。
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